Вышеупомянутый договор 1896 года, договор 1898 года (собственно об аренде Ляодуна), плюс договора с др. имп. державами. По всем этим договорам русские войска в Маньчжурии присутствовать не могли.
Появились же они (русские войска) там в результате боксёрского восстания 1900-1901 гг, и по соглашению с китайцами от 1902 года должны были быть полностью выведены в срок до 09.10.1903. Хотя там была оговорка, обуславливающая вывод "общим спокойствием и образом действий других держав", но оговорка слабая.
Японцы же, к этому времени (1904) выступали фактически как союзники Китая (задружились в период 1901-1903) в борьбе против русских империалистов, желающих отторгнуть важную часть святой китайской земли :).