Америки в сравнении с Евразией+Африкой - очень слабо населенный людьми и домашними животными ареал, отсюда и разница в разнообразии болезнетворных микробов.
Причём если в количественном отношении отставание в численности населения было ещё не очень внушительным (не помню точно - всего раз в 10-20, кажется), то в отношении генетического разнообразия всё было ещё много хуже - как у самих индейцев генетическое разнообразие было очень невелико (особенно в сравнении с Африкой, родиной homo sapiens и ареалом для сразу 5 разных рас - негроидов, бушменов, средиземноморских подтипов европеоидов, пигмеев и австралоидов Мадагаскара, и ещё помимо этого и внутри одних только негроидной и бушменской рас генетическое разнообразие на порядок выше, чем в остальных расах; т.о. генетическое разнообразие у людей Старого Света на 2-3 порядка больше, чем у людей Нового Света), так и особенно - у домашних животных (в Новом Свете держали всего несколько одомашненных животных - собаку, индейку и ламу; в Старом Свете видов домашних животных - сотни). Причина этой разницы в том, что население Старого Света развивалось много дольше, и делало это на намого большей площади и более разнообразных ландшафтах, при этом допускающих всё же миграцию между ними (в Америках миграция между разными ландшафтами очень затруднена тем, что материки эти вытянуты с севера на юг, и поэтому между ландшафтными зонами очень _резкий_ переход - племенам, которые мигрируют с севера на юг, приходится ломать все бытовые привычки, в то время как при путешествии с запада на восток хотя бы общие черты климата и вегетации остаются прежними).
Из этой разницы в генетическом и поведенческом разнообразии и следовало с неизбежностью, что в Старом Свете ходило на порядки больше всяких болезнетворных микробов, в коим жители Старого Света вырабатывали иммунитет постепенно, а жителей Нового Света оно всё бабахнуло сразу.
Впрочем, сильно изолированным до этого ареалам Старого Света тоже шарахало: те же чукчи, коряки, юкагиры, эвенки, алеуты и прочая - повымерли от оспы в XVI-XIXвв на 2/3 как минимум.