А метеорит был над горизонтом, то есть сверху прилетел. Хотя и под достаточно острым углом, но если на глазок прикинуть где он и на какой высоте в атмосферу входил, то вполне мог оказаться вне зоны видимости станций. К тому же скорость у него была в несколько раз больше, чем у МБР, так что даже если СПРН что-то и увидело, то все равно бы не успела ничего сделать.
Плюс если метеорит в основном состоял из льда, то в космосе РЛС вряд ли бы его смогли засечь.
СПРН как раз в основном надгоризонтные средства. Загоризонтные станции по проекту "Дуга" ЕМНИП на данный момент не работоспособны, даже если исключить чернобыльскую.