Можно - психогеническими лучами например. Или инфразвуковым излучателем.
Можно впрыснуть галюцигенные газы в кислородное снабжение - пристроится под брюхом и просверлить дырочку в нужном месте. А может быть простой шантаж - захват литовским спецназом семьи летчика, например. Или имитация приказа покинуть самолет с последующинм постгиптоническим приказом забыть это. Или элементарное сбитие самолета, с заменой пилота специально подготовленным двойником. Или может двойник был внедрен еще раньше, и это было его заданием. Куча вариантов, вообщем.