Добрый день!
бойницы подошвенного боя действительно, насколько я понимаю, предназначались до орудий. Что до их маленьких размеров, то, вероятно, когда монастырь уже потерял всякое военное значение, их могли и вовсе заложить, а при последующей реставрации восстановить, но не полностью.
С уважением, Василий Кашин