С осени 1924 г. начинается новый этап в противостоянии ГПУ и Русской Церкви. С этого времени Тучков приступает к подготовке нового дела против Патраирха. Начинает создаваться агентурное дело так называемой "Шпионской организации церковников". На этот раз ГПУ пыталось сделать из Патриарха шпиона, обвинив его в связи с иностранными державами. Сбор агентурной информации шел до 20-х чисел марта 1925 г., когда ГПУ приступила к ликвидации группы. Так 17 марта 1925 г. в "Списке агентурных разработок, ведущихся 6 отделением СООГПУ" Тучков первой агентурной разработкой назвал именно эту: "Шпионская организация церковников. Замешаны: Тихон, митрополит Петр, архиепископ Федор, профессор-церковник Попов и ряд других лиц из мирян и попов. Организация поставила целью собрать сведения о положении церкви в СССР и информировать заведомо недобросовестно заграницу путем печатных и даже личных выступлений. Последние предполагались на предстоящем вселенском соборе. Дело заканчивается следственной разработкой". Уже 27 марта после допросов Патриарха, Тучков в документе озаглавленном "Сведения об агентурных разработках на монархистов, имеющихся в 6-м отделении СООГПУ" писал: "Группа правых церковников, подготовлявшаяся к новому антисоветскому выступлению церкви на Вселенском соборе. Участники в ней - патриарх Тихон, митрополит Полянский Петр, профессор церковник Попов, дочь б. адмирала Невахович, баронесса Мейендорф, графиня Олсуфьева, б. секретарь Синода Гребинский, графиня Бобринская и др. Группа приготовила ряд материалов для антисоветского выступления на предстоящем в мае месяце в Иерусалиме соборе. Имела отношения шпионского характера с АРА и с представителями Англии, которым передавала сведения о положении церкви в России, о репрессиях по отношению к духовенству, о состоянии религиозного фанатизма среди отсталых масс и т.д. В виду важности ударного характера группа ликвидирована. Следствие подтвердило все изложенное". Тогда лишь смерть Патриарха спасла его от ареста и заключения, о чем будет сказано ниже.
Е. Тучков предвосхитив опыт своих коллег 30-х, понял, что именно обвинения в шпионаже позволят наконец лишить Патриарха свободы и тем самым нанести серьезный удар Церкви.
В сентябре же Тучков только начинает это агентурное дело, так 12 сентября он пишет служебную записку начальнику контрразведывательного отдела ОГПУ А.Х. Артузову, в которой указывает, что по его сведениям Патриарх "имеет письменную связь с русскими белогвардейцами за границей, в частности в Сербии и Чехословакии через находящегося в Финляндии и Латвии Русских архиереев Серафима и Иоанна , которым вся корреспонденция из Москвы передается финским и латышским дипкурьерам, а также через лиц приезжающих и уезжающих заграницу". Тучков просил изымать всю подобную корреспонденцию, однако в следственном деле нет свидетельств того, что какие-то письма Патриарха за границу имелись и изымались.
