1.Департамент контрразведки
Управление контрразведывательных операций
Управление компьютерной и информационной безопасности
2.Департамент по борьбе с терроризмом
Организационно-оперативное управление
Оперативно-розыскное управление
Управление по борьбе с терроризмом и политическим эстремизмом
3.Управление военной контрразведки
4.Департамент экономической безопасности
Административная служба
Управление по контрразведывательному обеспечению объектов промышленности
Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой сферы
Управление по контрразведывательному обеспечению объектов транспорта
Организационно-аналитическое управление
Управление по борьбе с контрабандой и незаконным оборотом наркотиков
Управление по контрразведывательному обеспечению МВД РФ, Минюста РФ, МЧС РФ
5.Департамен анализа, прогноза и стратегического планирования
Информационно-аналитическое управление
Управление координации оперативной информации
6.Департамент организационно-кадровой работы
Управление кадров
Организационно-штатная служба
Инспекция по личному составу
7.Департамент по обеспечению деятельности
Финансово-экономическое управление
Контрольно-ревизионная инспекция
Инспекторское управление
Следственное управление
