Просто при СССР разместили на Украине ряд критичных для авиации и космоса производств, и пришлось с ними договариваться уже после развода, так как альтернативы целому ряду украинских изделий у нас просто не было. С некоторыми до сих пор вопрос импортозамещения толком не решили.
А вот по атомной отрасли ничего критически важного для ядерного оружия Украина не производила. Автоматику делала Пенза и Москва, делящиеся материалы - на Урале и в Сибири, окончательная сборка - Урал и Саров, разработка ядерных боеприпасов - Снежинск, Саров и Москва. Украина нашему атомно-ружейному комплексу была вообще не нужна, так зачем им помогать и идти навстречу, тем более что Украина с ядерным оружием не была нужна никому, ни нам, ни американцам, да и с ДНЯО это не шибко сочеталось