>Скандал вокруг уголовного дела, возбужденного против ГРЦ «КБ имени академика В.П.Макеева»
Не понял. Уголовное дело может быть возбуждено либо против физических лиц, либо "по факту преступления" (когда виновные заранее неизвестны, их выявление производится в ходе следствия).
Но в любом случае уголовка - против личностей, а не организаций.