От расположения ГШ до расположения Верховного командования (президента) было целых 60 км, что способствовало известной автономности высшего армейского учреждения.
Достаточно быстро сложилось парадоксальное «двоевластие» над армией. С одной стороны, Верховным главнокомандующим считался президент. Но Радован Караджич был и оставался человеком глубоко гражданским, и все решения в военной сфере принимал начальник Главного штаба, номинально ответственный не перед президентом, а перед Скупштиной. Главный штаб не только составлял планы, но в полной мере выполнял функцию командования армией, издавая приказы на оперативном уровне. Он был органом управления вооружёнными силами, а не только планирования. Между начальником ГШ и президентом РС существовало соперничество, иногда трансформировавшееся в конфликты.
Важно сказать, что в «Решении о формировании…» армии Младича назначил на должность оперативного командующего парламент. Он был единственный поименованный военачальник в том документе. Ратко Младич отвечал в своих решениях перед Скупштиной страны, потому что был назначен им, а не президентом, как это оформляется в большинстве государств мира. Таким образом, он не был напрямую подчинён президенту.
Ещё важный момент. Югославская армия (Войско Югославии) оказывало ВРС серьёзную поддержку. По линии Югославской армии производились выплаты семьям офицеров ВРС, шла подготовка офицеров и помощь в организации собственного военного обучения, поставлялись запчасти для техники. В Югославии лечились раненые и заболевшие, инвалиды получали реабилитационную помощь, протезы и пр. Офицеры ЮНА, перешедшие на службу в ВРС, продолжали числиться в Югославской армии, получали очередные воинские звания, проходили переподготовку, получали армейское жалование, выплаты в случае получения инвалидности, пенсии. Для них был сформирован отдельный отдел кадров. Югославия, ставшая теперь сербским государством, выполняла свои обязанности перед офицерами-сербами из Боснии, чей народ оказался под угрозой.
